Порядок проведения экспертизы различается в зависимости от того, кто ее проводит. Так, например, прокуратура вносит представление об устранении нарушений в соответствующие органы и организации. Прокуратура предлагает способ устранения или вправе обратиться в суд (ст. 9.1 Федерального закона от 17.01.1992 № 2202-1 "О прокуратуре Российской Федерации").

Минюст России проводит антикоррупционную экспертизу при анализе проектов нормативных правовых актов, которые ему представляют на регистрацию. Порядок ее проведения установлен Постановлением Правительства РФ от 26.02.2010 № 96 "Об антикоррупционной экспертизе нормативных правовых актов и проектов нормативных правовых актов".

Другие органы и организации проводят экспертизу в соответствии со своими нормативными правовыми актами и локальными актами.

По результатам проведения антикоррупционной экспертизы ее результаты отражаются в соответствующих требованиях и заключениях.

На лицо, которому внесено требование, возложена обязанность лишь рассмотреть требование в установленный десятидневный срок и о результатах рассмотрения незамедлительно сообщить прокурору. При этом само по себе несогласие прокурора с содержанием ответа не может служить безусловным основанием для привлечения лица к административной ответственности (Постановление Президиума Хабаровского краевого суда от 12.10.2015 № 44га-74/2015).

Экспертизу по своей инициативе могут также проводить институты гражданского общества и граждане РФ (с соблюдением ограничений, установленных ч. 1.1 ст. 5 Закона № 172-ФЗ), однако их заключения носят всего лишь рекомендательный характер (ст. ст. 4-5 Закона № 172-ФЗ).